9月2日，2020赛季中国平安中超联赛第二次俱乐部总经理会议在苏州举行。中国足协在会上总结了中超联赛第一阶段上半程赛事，并宣布联赛第二阶段比赛将于10月16日继续在大连和苏州举行，经过3轮6回合比赛后于11月12日结束。
根据中国足协宣布的中超第二阶段比赛计划，两个赛区第一阶段前四名组成争冠组，后四名组成保级组。比赛于10月16日开始，采用双回合淘汰赛赛制，经过3轮6场比赛，于11月12日产生最终名次。在双回合比赛中，两队先比较比赛胜负关系，相同情况下，则比较进球数，如果仍然不分伯仲，将进入两个15分钟上下半场加时赛，若加时赛依然未能一决高下，最终会进入点球大战。联赛第16名直接降级，第15名将与中甲第二名于11月18日和22日进行两回合附加赛，争夺明年中超联赛最后一个参赛资格。
从会上公布的一些数据来看，今年联赛前七轮共进球169个，平均每场进球3.02个，与去年同期基本持平，仅3场比赛没有进球；国内球员进球66个，比去年同期增加25%，有明显上升。值得注意的是，U23球员出场时间达到14874分钟，比去年同期多出4055分钟，提升37.5%，一批等年轻球员的表现令人欣喜。场均净比赛时间51分49秒比去年同期下降52秒，广州富力与山东鲁能的比赛创造了68分05秒的中超联赛净比赛时间纪录。
从7月18日各俱乐部进驻赛区，至今已一个半月时间，在严格的防疫政策下，球员、教练员、裁判员和工作人员经过长期封闭，心理调解问题也引起赛区组委会和各俱乐部的高度重视。为此，两个赛区一方面做好后勤保障工作，另一方面通过举办电竞比赛、台球比赛、读书会等活动，丰富业余文化生活。中国足协技术部还组织D级教练员培训班，专家线上视频授课，帮助球员未来转型。
关于联赛开放观众入场等受媒体和球迷广泛关注的问题，足协方面表示， 8月22日苏州赛区北京国安与上海上港的比赛测试部分开放观众看台，分配给两家俱乐部的名额很快一抢而空，加上特邀的苏州本地防疫代表等，共有1588名观众入场，开放效果不错。9月4日，大连赛区也将开放部分看台进行测试。从第10轮起，苏州赛区将全面开放看台，大连赛区将视测试情况决定下一步开放计划。
中国足协还同时宣布了足协杯赛事计划并举行首轮比赛抽签。足协杯将于9月18、19日举行第一轮比赛，16支中超球队首先捉对厮杀产生8个胜者，与来自中甲联赛的8支球队于11月26日开始进行第二轮比赛，决赛将于12月19日举行，采用单场决胜方式。